Durch die Anstaltsordnung wird der innere Betrieb einer Krankenanstalt geregelt. Sie hat insbesondere Regelungen über die Aufgaben und Einrichtungen der Krankenanstalt, die Gliederung in Abteilungen und in sonstige Organisationsformen, die Grundzüge der Verwaltung und der Betriebsform der Krankenanstalt, die Dienstobliegenheiten des Personals, die regelmäßige Abhaltung von Dienstbesprechungen zwischen den einzelnen Berufsgruppen und Verhaltensregelungen für Besucher und Patienten zu enthalten. Die Anstaltsordnung ist für das Personal an geeigneter, leicht zugänglicher Stelle aufzulegen, bestimmte Auszüge der Anstaltsordnung sind darüber hinaus auch den Patienten zugänglich zu machen. Die Anstaltsordnung an sich und jede Änderung dieser bedarf der Genehmigung durch die jeweilige Landesregierung.

Als verantwortlicher Leiter des ärztlichen Dienstes und für die mit der ärztlichen Behandlung der Patienten zusammenhängenden Aufgaben ist für jede Krankenanstalt ein geeigneter Arzt zu bestellen. Für den Fall der Verhinderung des ärztlichen Leiters muss eine Vertretung durch einen anderen geeigneten Arzt sichergestellt sein. In Krankenanstalten, deren Größe dies erfordert, erfolgt die Ausübung der ärztlichen Leitung hauptberuflich. Mit der Führung von Organisationseinheiten innerhalb einer Krankenanstalt (Abteilungen, Departments, Laboratorien) dürfen nur Fachärzte des jeweiligen einschlägigen Sonderfaches betraut werden. Sollte ein eigenes Sonderfach nicht bestehen, sind ansonsten fachlich qualifizierte Ärzte zu bestellen. Auch für den Leiter einer Organisationseinheit ist für den Fall seiner Verhinderung dieser durch einen in gleicher Weise qualifizierten Arzt zu vertreten. Sowohl die Stelle eines ärztlichen Leiters als auch jene eines Leiters einer Abteilung, eines Fachschwerpunktes, einer Prosektur oder eines Ambulatoriums in einer öffentlichen Krankenanstalt sind öffentlich auszuschreiben. Die schlussendliche Bestellung des ärztlichen Leiters und des Leiters der Prosektur bedarf der Genehmigung durch die jeweilige Landesregierung.

Grundsätzlich muss in einer Krankenanstalt jederzeit ärztliche Hilfe erreichbar sein, wobei allerdings hinsichtlich des personellen (ärztlichen) Leistungsangebotes zwischen den einzelnen Krankenanstaltentypen zu unterscheiden ist. In Zentralkrankenanstalten ist von Gesetzes wegen eine uneingeschränkte Facharztanwesenheit aller in Betracht kommender Sonderfächer zu gewährleisten. In Schwerpunktkrankenanstalten müssen jedenfalls die Abteilungen bzw. sonstigen Organisationseinheiten für Anästhesiologie und Intensivmedizin, Chirurgie, Innere Medizin, Frauenheilkunde und Geburtshilfe, Kinder- und Jugendheilkunde, Neurochirurgie, Psychiatrie, Neurologie und Unfallchirurgie bzw. Orthopädie und Traumatologie dauernd mit einem Facharzt besetzt sein. In allen übrigen Sonderfächern, die zum Teil in einer Schwerpunktkrankenanstalt angeboten werden (z.B. Augenheilkunde und Optometrie, Lungenkrankheiten, Orthopädie und Orthopädische Chirurgie), kann während der Nacht und an Wochenenden und Feiertagen von einer dauernden Facharztanwesenheit abgesehen werden, wenn statt dessen eine Rufbereitschaft eingerichtet ist. Für Standardkrankenanstalten sieht die bundesgesetzliche Regelung laut KAKuG vor, dass es ausreichend ist, wenn während der Nacht und an Wochenenden und Feiertagen insgesamt lediglich ein Facharzt aus den Sonderfächern Anästhesiologie und Intensivmedizin oder  Chirurgie oder Innere Medizin oder Unfallchirurgie anwesend ist. Für die anderen Sonderfächer, die nicht durch einen Facharzt in der Krankenanstalt vertreten sind, ist es ausreichend, wenn ein Rufbereitschaftsdienst eingerichtet ist. Sowohl für Fachschwerpunkte als auch für dislozierte Wochen- und Tageskliniken gilt, dass außerhalb der Betriebszeiten von einer dauernden Facharztanwesenheit abgesehen werden kann, sofern in Fachschwerpunkten eine Rufbereitschaft eingeführt ist bzw. in dislozierten Wochenkliniken die Patientenbetreuung durch die Mutterabteilung garantiert ist. Für dislozierte Tageskliniken schreibt das Gesetz lediglich die Sicherstellung der erforderlichen postoperativen und konservativen Nachsorge der Patienten vor.